Madrasah Aliyah MDIA Bontoala dirintis pada tahun 1994 oleh Pimpinan Pondok Pesantren MDIA Bontoala, Gurutta Abd Mutthalib Abdullah, M.A., dengan melihat tenaga pendidik yang didominasi oleh tenaga pendidik pada bidang Eksakta, maka pimpinan memutuskan MA Jurusan IPA sebagai langkah awal. Jurusan IPA menjadi favorit di Pondok Pesantren MDIA Bontoala.

Pada tahun 2001 Lembaga Pendidikan MDIA Bontoala mempertegas eksistensinya sebagai lembaga pendidikan yang memadukan kurikulum Pesantren dengan kurikulum nasional dengan menegaskan diri sebagai lembaga pendidikan pesantren.

Komitmen untuk tetap memadukan tradisi pesantren dengan kurikulum nasional tersebut dimaksudkan bahwa pendidikan agama harus menjadi ruh dari segala ilmu pengetahuan yang diberikan kepada santri pondok pesantren MDIA Bontoala.

Dalam penyelenggaraan pendidikan, Madrasah Aliyah Pondok Pesantren MDIA Bontoala secara umum bertujuan untuk:

  1. Memberikan pengetahuan agama maupun pengetahuan umum yang luas
  2. Memberikan keterampilan yang memadai agar dapat menjadi bekal dan modal untuk masa depan
  3. Membekali kemampuan berorganisasi sehingga menjadi pribadi yang dapat memimpin dan dipimpin
  4. Melatih kemampuan untuk berinteraksi sosial dengan baik di tengah masyarakat.

Sedangkan, tujuan khusus dari penyelenggaraan pendidikan di Madrasah Aliyah Pondok Pesantren MDIA Bontoala adalah menghasilkan tamatan yang berkualitas dalam bidang IPTEK dan IMTAQ yaitu:

  1. Berakhlak mulia
  2. Tafaqqahuu fiddiin
  3. Melaksanakan ajaran Islam Ahlusunnah Wal Jamaah
  4. Mahir membaca Al-Quran dan mengamalkannya dalam kehidupan sehari-hari
  5. Dapat menggunakan bahasa Arab dan Inggris secara aktif.